在生鲜电商占比越来越高的背景下，仍面对着诸多问题。就目前而言，生鲜物流中存在的配送超时、信息传输滞后、生鲜不“鲜”等较多现实问题，说明目前生鲜物流跟不上市场发展的需求，还处于粗放发展阶段。
 

　　首先一大难题是因为生鲜食品的特殊性，层层递进，毛利甚少。生鲜食品具有保鲜要求高，易腐败等特性，这就对物流的时效性有严格的要求。同时作为食品，对安全溯源也有很高的要求，在一定程度上决定了生鲜物流在货物流通环节要比一般物流成本更高。生鲜食品作为消费频次高、产品价值低的商品，高居不下的物流成本必然会拉高商品价格，对于广大消费者而言是难以承受的，这是当前生鲜物流及农批物流企业面临的巨大挑战。

　　其次是运送过程中的冷链配送。生鲜果蔬的特殊性就要求在配送过程中温度的掌控。生鲜物流仍然没有形成连贯的冷链物流，生鲜溯源技术和物流配送业务缺乏专业化运作，影响了运输质量、准确性和及时性，这也成为了一大难题。
 

　　综合而言，生鲜电商平台主要面临两个方面的难题，一是多级批发商链条导致毛利低，无法形成规模效应;二是自建冷链仓成本高，用第三方冷链又难以保障食品安全。目前，我国尚未形成完整、独立的冷链物流体系，大部分生鲜、乳品在运输过程中并不能保证全程冷链。随着市场需求的扩大，冷链物流越来越受到重视，行业得到规范，技术提升。未来冷链物流体系将更加健全完善，进一步应用到产品的运输中，将来，冷链物流市场将有望出现新一轮升级机会。